En charge de l'administration de la plateforme du projet E-Biothon (IBM, CNRS, INRIA).
En charge du portage d'applications métier de bio-informatique sur cette plateforme.
Détails de l'expérience
Pendant cette période j'ai participé à former mon remplaçant au CNRS.
Cette expérience est la continuité du travail que je faisais au CNRS, que j'ai du quitter car je ne pouvais légalement plus accumuler plus de CDD pour eux.
En charge de l'installation et administration de la couche logicielle middleware sur la plateforme E-Biothon (Blue-gene /P).
En charge du portage d'applications métier de bio-informatique sur la plateforme du projet E-Biothon.
Communications : présentation du projet E-Biothon lors des journées SUCCES en novembre 2013 à Paris.
Détails de l'expérience
Ma deuxième mission pour le CNRS, le projet E-Biothon est la suite logique du programme Décrypthon. J'étais en charge de sa mise en œuvre technique.
La plate forme consistait en un serveur Web, sur laquelle j'ai installé l'application Web de SysFera-DS, qui sert d'interface utilisateur, et qui permet de piloter la plateforme de calcul. Et une Blue Gene /P avec Loadleveler, sur laquelle j'ai installé le backend SysFera-DS et qui servait à accomplir les calculs.
La couche middleware choisie pour ce projet est la solution SysFera-DS de SysFera. Ainsi je travaillais encore beaucoup avec mes anciens collègues de SysFera. Cela m'a permis l’expérience unique de travailler d'abord pour une entreprise puis pour un de ses clients.
Description de l'entreprise
Le CNRS est le Centre National de la Recherche Scientifique. J'étais basé à l'ENS de Lyon dans le laboratoire de l'informatique du parallélisme (LIP).
En charge du développement du front-end de la solution SysFera-DS. Une application Web pour administrateurs et utilisateurs d'une plateforme de calcul distribués. (Grails : Groovy/HTML/JS/Jquery)
En charge de la gestion de données de la solution SysFera-DS. Développement backend et frontend (entre autres interface web de navigation de fichiers distants).
En charge du déploiement et du suivi de SysFera-DS sur plusieurs plate-formes HPC de clients, ou de prospects, avec dans ce cas le but d'effectuer chez eux des démonstrations.
Détails de l'expérience
Utilisation succincte du cloud Amazon Web Services pour la mise en place de plate-formes de tests et démonstrations.
Programmation en TDD (développement dirigé par les tests) lorsque ce fut possible.
Utilisation du déploiement continu (compilation, passage des tests et déploiement automatique des plate-formes de tests et de démonstrations).
Travail en méthodes agiles (scrum).
Description de l'entreprise
Éditeur de logiciels, SysFera a pour vocation de fournir des solutions innovantes pour simplifier l'accès aux applications et aux ressources de calcul. SysFera est une société d'édition de logiciels issue de l’INRIA, créée en 2010.
En charge de l'administration des grilles de calcul Decrypthon (quatre cluster IBM AIX et un cluster Linux). Installation et mise à jour des middleware de grille, des applications métiers et de tous les prérequis. Déploiement des interfaces web de pilotage.
Compilation pour AIX de programmes divers depuis windows/linux. (Bash)
En charge de la conception et du développement de l'interface web de pilotage de grille du middleware DIET. Développement de portails web personnalisés pour chaque application portée sur la grille, pour soumission des tâches et récupération des résultats de manière transparente. (Java/JSP,HTML/JS, Mysql/Postgres)
Support aux utilisateurs de la grille.
En charge de la coordination avec l'équipe IBM du World Community Grid (US), pour le portage d'une application du Decrypthon "Help cure muscular Dystrophy" sur leur grille de volontaires sous Boinc.
Gestion des catalogues de données, de la grille décrypthon, et des résultats provenant du World Community Grid.
Détails de l'expérience
Lors de cette expérience j'ai cumulé plusieurs CDD.
Pour apprendre à utiliser leurs applications afin de les porter sur la grille de calcul, j'ai eu quelques déplacements parfois de plusieurs jours dans toute la France pour rencontrer les porteurs d'applications dans leurs laboratoires.
Le succès de DIET sur la plate-forme Decrypthon sera l'une des cause qui pousseront ses créateurs à créer une start-up dont ce middleware et l'interface web furent le premier produit : SysFera.
Le programme Décrypthon est un projet tripartie entre le CNRS, IBM et l'AFM, l'organisation qui fait le Téléthon.
Communications : Présentation du middleware DIET et du projet Decrypthon sur le stand de l'INRIA à Supercomputing 2008 (Austin), et présentation de la grille Decrypthon à la conférence internationale HealthGrid 2010 à Paris.
Description de l'entreprise
Le CNRS est le Centre National de la Recherche Scientifique. J'étais basé à l'ENS de Lyon dans le laboratoire de l'informatique du parallélisme (LIP).
Développement d'un outil de calcul d'impact sonore dans le milieu aéronautique en faisant l'analyse de larges données expérimentales (C++, Matlab).
Écriture de l'interface graphique en Matlab, et de la documentation en HTML.
Écriture du module de calcul en C++ (Sous Windows, Borland)
Détails de l'expérience
Pré-analyses manuelle des larges échantillons de données (des mesures expérimentales de bruit sur un site proche de l'aéroport), le but étant de "marquer" sur les enregistrements ce qui correspondait à un bruit d'avion.